Jag antar att det beror på att du använder onclick direkt på citera-knappen. När texten då innehåller en radbrytning så går HTML-taggen sönder.
Det snabbaste sättet borde vara att byta ut de riktiga radbrytningarna mot "\n", jag tror JavaScriptet kommer att klistra in det rätt då.
"Best practice" vore att använda nån form av händelse-lyssnare på citera-länken (addEventListener i vanlig JavaScript, .click() i jQuery) som hämtar texten som ska klistras in via DOM istället.